Pencil имеет минимальное количество настроек, интуитивно понятный пользовательский интерфейс, практически все инструменты необходимые для рисования находятся в отделяемых (перемещаемых) панелях основного окна приложения.

Pencil работает не только с векторной графикой, но и с растровыми изображениями (поддерживается работа с камерой и звуком). Создаваемые в приложении проекты могут включать несколько слоёв (как растровых, так и векторных).

Рисование это важная оставляющая Pencil, имеется набор основных инструментов (кисть, карандаш, ручка и пр...), имеются стандартные функции копирования и вставки. К нарисованному изображению можно добавить тень, установить статический фон и применить другие эффекты. Имеется возможность загрузки ранее заготовленных изображений формата PNG.

Несмотря на возможность создания рисунков, Pencil всё же больше предназначен для планирования временной шкалы оживления, предполагающей последовательное разложение на ней кадров из изготовленных рисунков и настройки ключевых кадров будущего ролика. Благодаря шкале времени проект будет более гибок в плане исправления, внесения изменений и корректировки. Шкала позволяет выполнять целый набор действий управления, можно создавать, перемещать, редактировать, а так же удалять поля. Возможно изменение длинны строки и размера, есть возможность правки "назад/вперёд".

Работа с "фотокамерой" позволяет устанавливать произвольную точку откуда начнётся просмотр созданной анимации или кара. Используемый алгоритм (по-кадровой анимации) позволяет воспроизвести анимацию с возможностью регулировать частоту кадров и настроить циклическое воспроизведение.

Pencil поддерживает добавление звука, готовую анимацию приложение экспортирует (сохраняет) в последовательные изображения (в формате GIF), в формат SVG (для векторной анимации), в формате SWF (флеше) и формате XML с несжатым AVI форматом (это даёт возможность сохранить ролик таким, каким он был создан и предварительно просторен в Pencil. Управлять Pencil можно как с помощью мыши, так и клавиатурными сочетаниями.

Не требует установки.